YAPKEMA tidak menutup mata atas peristiwa-peristiwa yang mengorbankan masyarakat sipil, baik karena sebab-sebab struktural, seperti pelanggaran hak asasi manusia, maupun sebab-sebab horizontal seperti konflik antar masyarakat serta bencana alam.
Yapkema berupaya turun tangan, baik sendiri maupun bersama-sama kelompok organisasi masyarakat lainnya. Kami melakukan respons-respons khusus serta darurat terkait persoalan bencana alam, transparansi anggaran pemerintah dan partisipasi masyarakat untuk mengadvokasi hak mereka terhadap anggaran (seperti kampanye AP3D untuk rakyat), mendorong keterlibatan perempuan dalam urusan-urusan publik, mengawal kasus pelanggaran HAM tertentu, dan lain-lain.
